בדיקות גנומיות מקיפות מסוג FoundationOne

תפקיד הדנ”א בהתפתחות התא הסרטני

החומר התורשתי, הדנ”א, נמצא בגרעין של כל תא ותא בגוף. רצף חומצות הגרעין המרכיבות את הדנ”א קובעות את האופן שבו מתפקד התא. שינויים או טעויות בסדר חומצות הגרעין יכולים לשבש באופן משמעותי את תפקוד התא. חלק מהשינויים גורמים לכך שתא נורמלי מאבד את הבקרה על ההשרדות וקצב ההתחלקות שלו, דבר אשר עלול לגרום להווצרות גידול סרטני.

בגידול סרטני עלולים להתרחש סוגים רבים ושונים של שינויים וטעויות ברצף הדנ”א והם יכולים להיות שונים בין גידול לגידול ובין חולה אחד למשנה.

שינויים גנומיים המובילים לסרטן

שינויים וטעויות ברצף הדנ”א הנרכשים במהלך חיי התא מכונים שינויים גנומיים. 

השינויים הגנומיים עשויים לגרום להפעלת גנים ביתר או להשתקתם ומכאן לגרום לפעילות יתר או חוסר פעילות של התוצר החלבוני שעלול להתפתח לגידול סרטני. 

כאשר החלבונים האמורים לפקח על מנגנון התרבות התא אינם עושים זאת כראוי, נוצר גידול של תאים המתרבים ללא בקרה. 

חלבונים אלו מהווים מטרה לתרופות המסוגלות לעכב את התהליך הסרטני בתנאי שאובחן כראוי השינוי ברצף הדנ”א המניע את הגידול.

טיפולים ממוקדים

תרופות המכוונות כנגד אותם חלבונים פגומים שנוצרו משינויים גנומיים שייכות לסוג טיפולים המכונה טיפולים ממוקדים. טיפולים מסוג זה מעכבים את התפשטותו וגדילתו של התהליך הסרטני תוך צמצום הפגיעה בתאים הבריאים ובדר”כ הפחתת תופעות הלוואי הבלתי רצויות.

בדיקות גנומיות מקיפות

בדיקה גנומית מאתרת במקביל, ובבדיקה יחידה, מספר רב של גנים ומוטציות גנומיות. בדיקות גנומיות מקיפות, כגון FoundationOne, FoundationOne Heme ו-FoundationACT, מבוססות על ריצוף גנומי מהדור החדש Next-generation sequencingׁׁׁ) NGS) מסוג Hybrid Capture, המאפשר לסרוק בו-זמנית מספר רב של גנים ואת כל המוטציות הרלוונטיות בדגימה קטנה של הגידול. הפרופיל הגנומי של הגידול מאפשר התאמת טיפולים ממוקדים לגידול הספציפי שנבדק, שאולי לא היו נלקחים בחשבון לולא אבחון גנומי מקיף. 

בנוסף, בדיקות גנומיות מקיפות המאבחנות רקמת גידול מאתרות גם עומס מוטציות בגידול Tumor Mutation Burden, TMB)¹) ואי-יציבות גנומית Microsatellite instability, MSI)²), ביומרקרים המסייעים לנבא תגובה לטיפולי אימונותרפיה^2-3.

 כיום קיימים שלושה סוגים של בדיקות:

• FoundationONE המיועדת לגידולים סולידיים וסורקת את הרצף של 315 גנים הידועים כקשורים לסוגי סרטן סולידי.
• FoundationOneHEME המיועדת לממאירויות המטולוגיות וסרקומות אשר סורקת את הרצף של 405 גנים ואת רצף הרנ"א של 265 גנים הידועים כעוברים שינויים מסוג איחויים בין גנים (Gene fusion) במחלות אלו.
• FoundationACT אבחון גנומי מקיף בבדיקת דם (ביופסיה נוזלית) הסורק 62 גנים. מתאים לגידולים מתקדמים שונים, בחולים שאינם מועמדים לביופסיה לצורך לקיחת דגימת רקמה.

המידע המתקבל בתהליך הריצוף, מפוענח באמצעות ביואינפורמטיקה מתקדמת אשר לאחר מכן, נעשה שימוש במאגרי מידע ומחקרים מהספרות המקצועית העדכניים ביותר אשר מאפשרת לזהות שינויים גנומיים בעלי משמעות קלינית במאות גנים הידועים כקשורים בסרטן. לאחר מכן, נעשה שימוש במאגרי מידע ומחקרים מהספרות המקצועית העדכניים ביותר על מנת להתאים לכל מטופל אפשרויות טיפול ממוקדות המותאמות לגידול שלו.

למידע נוסף ניתן לבקר באתר האינטרנט: www.foundationOne.co.il ו/או ליצור קשר עם מוקד FoundationOne בחיוג מקוצר: 8966*.

References

1. Frampton GM et. al, Assessment of tumor mutation burden from >60,000 clinical cancer patients using comprehensive genomic profiling. J Clin Oncol 34, 2016 (suppl; abstr 11558) 
2. Hall J. et al, Evaluation of microsatellite instability (MSI) status in gastrointestinal (GI) tumor samples tested with comprehensive genomic profiling (CGP). J Clin Oncol 34, 2016 (suppl 4S; abstr 528)
3. Rizvi et al. Mutational landscape determines sensitivity to PD-1 blockade in non-small cell lung cancer. Science. 2015;348(6230):124-128.
4. Rosenberg et al. Atezolizumab in patients with locally advanced and metastatic urothelial carcinoma who have progressed following treatment with platinum-based chemotherapy: a single-arm, multicentre, phase 2 trial.Lancet. 2016;387(10031):1909-1920.
5. 1. Horn L, Pao W. EML4-ALK: Honing In on a New Target in Non–Small-Cell Lung Cancer J Clin Oncol. 2009;26:4232–4235.
6. Ross JS, et al. Comprehensive Genomic Profiling of Carcinoma of Unknown Primary Site: New Routes to Targeted Therapies. JAMA Oncol. 2015 Feb 12.
7. Drilon A et al. Broad, hybrid capture-based next-generation sequencing identifies actionable genomic altera- tions in “driver-negative” lung adenocarcinomas. Clin Cancer Res. 2015 Jan 7.
8. http://www.businesswire.com/news/home/20151221005243/en/Foundation-Medicine-Announces-National- Agreement-UnitedHealthcare-FoundationOne%C2%AE.
9. Rozenblum AB, et al, Clinical Impact of Hybrid Capture-Based Next-Generation Sequencing on Changes in Treatment Decisions in Lung Cancer. J Thorac Oncol. 2017 Feb;12(2):258-268
10. Frampton GM et al. Development and validation of a clinical cancer genomic profiling test based on massively parallel DNA sequencing. Nat Biotechnol. 2013 Oct 20
11. He J, et al. Integrated Genomic DNA/RNA Profiling of Hematologic Malignancies in the Clinical Setting. Blood Journal, 2016 Mar
12. Travis A. Clark1, et al. Rigorous validation of a clinical circulating tumor DNA assay for cancer molecular profiling. Abstract 3965. AACR 2016