מהו אבחון גנומי מקיף ע"י בדיקת דם – FoundationOne Liquid? 

ביופסיה הנלקחת מרקמת הגידול מחייבת ביצוע הליך פולשני, ולפעמים ניתוח, ויש חולים שאינם מועמדים לסוג זה של ביופסיה בשל מצבם הבריאותי הירוד, או בגלל שמיקום הגידול אינו נגיש. כדי להתגבר על חוסר היכולת לבצע אבחון פרופיל גנומי של רקמת הגידול, פותחה הביופסיה הנוזלית, האוספת DNA שתאים סרטניים משחררים לדם. 

FoundationOne Liquid היא בדיקה לריצוף גנומי מקיף של גידולים. באמצעות בדיקת דם פשוטה ולא פולשנית, המאפשרת להתאים טיפולים ממוקדים במקרים שבהם הגידול חוזר או מתקדם.

• FoundationOne Liquid בודקת 70 גנים סרטניים ומזהה את כל סוגי המוטציות האפשריות, והרלוונטיות, בגנים אלה.
• מאפשרת לחולים לבצע אבחון פרופיל גנומי מקיף, גם כאשר לא ניתן לקחת דגימה מרקמת הגידול שלהם. 
• בחולים עם סרטן מתקדם, הבדיקה מסייעת בניטור השינויים של הגידול לאורך הזמן.
• בבדיקה זו מדווח הערך MSI high מדד אשר אושר ע"י ה-FDA לקביעת התאמה לטיפולים אימונותרפים במספר רב של סוגי סרטן.

DNA חופשי בדם ואבחון גנומי בסרטן

 מקטעי DNA משתחררים למחזור הדם (cfDNA; cell free DNA) באמצעות תהליכים ביולוגיים שונים. המקור של הDNA החופשי בדם הוא ברובו מתאים נורמליים. גם תאים סרטניים משירים DNA לזרם הדם .ctDNA; circulating tumor DNA) DNA) המשתחרר מתאים סרטניים מייצג את כלל הגנום של הגידול, ועל כן הוא נושא את אותם שינויים גנטיים שניתן למצוא בגידול שממנו הוא נשר. מקטעי ctDNA אלה נכנסים למחזור הדם, ונעים בו ביחד עם DNA שנושר מתאים בריאים. 

הפרדת cfDNA מהדם היא התהליך החשוב ביותר בבדיקה, והיא נעשית תחת תנאים אופטימאליים שיבטיחו עיבוד נכון של דגימת הדם שנלקחה. בדיקת FoundationOne Liquid מאתרת את כלל השינויים הגנומיים הקשורים לגידול, גם כאשר כמות ctDNA בדם זעירה ביותר (מתחת ל- 1%), והיא עושה זאת ברמת דיוק ורגישות של עד 99% ¹².

ריצוף גנומי מהדור החדש של cfDNA שהופרד מהדם עובר תהליך זהה לריצוף הנעשה באבחון גנומי מקיף הנעשה באמצעות FoundationOne, פרופיל גנומי של דגימה מרקמת גידול. בדומה לבדיקות גנומיות אחרות המבוססות על דגימה מרקמת הגידול, כגון FoundationOne ו- FoundationOne Heme, תוצאות FoundationOne Liquid מתקבלות בדו"ח מפורט המתאים את הממצאים לטיפולים ממוקדים שעשויים להיות יעילים ופחות רעילים, ומכיל רשימת ניסויים קליניים רלוונטיים. 

בחולים שביצעו בעבר אבחון גנומי מקיף, על-ידי בדיקת רקמה FoundationOne, ממצאי הדו"ח כוללים השוואה של התוצאות מהעבר עם התוצאות שהתקבלו בבדיקת הדם. 

למי מתאימה בדיקת FoundationOne Liquid?

FoundationOne Liquid היא בדיקת דם פשוטה המאפשרת לבצע אבחון גנומי בחולים שלא יכולים לבצע ביופסיה מרקמה: 

• חולים שאינם מועמדים לביופסיה ניתוחית בשל מצבם הבריאותי הירוד.
• כאשר מיקום הגידול אינו נגיש ולכן לא ניתן לקחת ביופסיה.
• בחולים שהרקמה שנלקחה מהביופסיה בשלב האבחון הראשוני אינה מספיקה, אינה איכותית מספיק, או אינה רלוונטית בגלל הטיפולים הביולוגיים שבהם טופל החולה מאז שנלקחה הביופסיה, לצורך אבחון מקיף של הפרופיל הגנומי של הגידול, והם אינם יכולים  לעבור ביופסיה נוספת. 

הודות ל-FoundationOne Liquidניתן לאתר את השינויים הגנומיים שהניעו את הגידול. בהתאם לממצאים יכול הרופא להתאים טיפול ממוקד לגידול המסוים. בנוסף, ביופסיה נוזלית יכולה לסייע בניטור השינויים של הגידול לאורך הזמן (disease monitoring), לעקוב אחר התגובה לטיפול ממוקד מטרה, ולהתאים טיפולים ממוקדים במקרים שבהם הגידול חוזר או מתקדם.

דוגמה לדו"ח FoundationOne Liquid:

References

1. Frampton GM et. al, Assessment of tumor mutation burden from >60,000 clinical cancer patients using comprehensive genomic profiling. J Clin Oncol 34, 2016 (suppl; abstr 11558) 
2. Hall J. et al, Evaluation of microsatellite instability (MSI) status in gastrointestinal (GI) tumor samples tested with comprehensive genomic profiling (CGP). J Clin Oncol 34, 2016 (suppl 4S; abstr 528)
3. Rizvi et al. Mutational landscape determines sensitivity to PD-1 blockade in non-small cell lung cancer. Science. 2015;348(6230):124-128.
4. Rosenberg et al. Atezolizumab in patients with locally advanced and metastatic urothelial carcinoma who have progressed following treatment with platinum-based chemotherapy: a single-arm, multicentre, phase 2 trial.Lancet. 2016;387(10031):1909-1920.
5. 1. Horn L, Pao W. EML4-ALK: Honing In on a New Target in Non–Small-Cell Lung Cancer J Clin Oncol. 2009;26:4232–4235.
6. Ross JS, et al. Comprehensive Genomic Profiling of Carcinoma of Unknown Primary Site: New Routes to Targeted Therapies. JAMA Oncol. 2015 Feb 12.
7. Drilon A et al. Broad, hybrid capture-based next-generation sequencing identifies actionable genomic altera- tions in “driver-negative” lung adenocarcinomas. Clin Cancer Res. 2015 Jan 7.
8. http://www.businesswire.com/news/home/20151221005243/en/Foundation-Medicine-Announces-National- Agreement-UnitedHealthcare-FoundationOne%C2%AE.
9. Rozenblum AB, et al, Clinical Impact of Hybrid Capture-Based Next-Generation Sequencing on Changes in Treatment Decisions in Lung Cancer. J Thorac Oncol. 2017 Feb;12(2):258-268
10. Frampton GM et al. Development and validation of a clinical cancer genomic profiling test based on massively parallel DNA sequencing. Nat Biotechnol. 2013 Oct 20
11. He J, et al. Integrated Genomic DNA/RNA Profiling of Hematologic Malignancies in the Clinical Setting. Blood Journal, 2016 Mar
12. Travis A. Clark1, et al. Rigorous validation of a clinical circulating tumor DNA assay for cancer molecular profiling. Abstract 3965. AACR 2016