התאמת טיפולים ממוקדים באמצעות FoundationOne CDx:

באמצעות FoundationOne CDx ניתן לאפיין את השינויים הגנומיים אשר התרחשו בגידול הפרטני של כל חולה ובכך לסייע לרופא להתאים לחולה טיפול ממוקד למאפייני הגידול שלו. לצורך ביצוע FoundationOne מספיקה כמות רקמה קטנה (סה”כ 40 מיקרון) שכבר הוצאה בתהליך של ביופסיה או ניתוח וברוב המקרים אין החולה צריך לבצע תהליכים רפואיים נוספים. תוצאות הבדיקה נמסרות לרופא המטפל ולחולה תוך פרק זמן של עד 14 יום.

תוצאות בדיקת FoundationOne CDx:

תוצאות בדיקת FoundationOne CDX באות לידי ביטוי בדו"ח הכולל את מירב המידע הדרוש לרופא המטפל על מנת להצביע על הטיפול המתאים ביותר עבור החולה (תמונה 1).

העמוד הראשון של הדו"ח מכיל את מספר השינויים הגנומים שאותרו בגידול וזוהו בדרייברים של הגידול ואת הטיפולים המתאימים להם. אפשרויות הטיפול כוללות תרופות המאושרות על ידי ה-FDA להתוויה של הגידול הנבדק או תרופות המאושרות FDA להתוויות אחרות. בנוסף, על בסיס השינויים הגנומיים היחודיים לגידול, הבדיקות מזהות התאמה של החולה למחקרים קליניים פעילים.

תמונה 1: מבנה העמוד הראשון בדוח התוצאות של בדיקת FoundationOne CDx

למי מתאימה בדיקת FoundationOne CDx:

בדיקות מסוג אבחון גנומי תוכננו לבדוק כל סוג של גידול ללא תלות במקור הרקמה ממנו התפתח הגידול או מיקומו בגוף. ככלל בדיקת FoundationOne CDx מיועדת לחולים אשר מחלתם מפושטת, אך יתכנו מקרים בהם הרופא המטפל יבקש את הבדיקה גם בשלבים מוקדמים יותר של המחלה.

ניתן להצביע על אוכלוסיות חולים אשר עבורם בדיקת FoundationOne CDx יכולה לסייע במיוחד לרופא המטפל בקבלת החלטות טיפוליות:

חולי סרטן ריאה טרם התחלת טיפול בקו ראשון, היות ומדובר בסוג סרטן אשר מונע על ידי מספר רב של שינויים גנומיים וקיימים היום מסר רב של טיפולים ממוקדים זמינים למחלה⁵.
חולים עם גידולים אשר להם כמות הרקמה הזמינה לביצוע בדיקות אבחון מוגבלת וספק אם תהיה להם הזדמנות נוספת לצורך אבחון. יש חשיבות בביצוע בדיקה אחת מקיפה שתאפשר לזהות את כל האפשרויות הטיפול המתאימות.
מחלה גרורתית אשר מקור הגידול הראשוני אינו ידוע וקיים קושי בבחירת טיפול. עבור חולים אלו בדיקת FoundationOne CDx יכולה לסייע לשייך את הטיפול לפי השינוי הגנומי, ובכך עשוייה לשפר את סיכויי התגובה לטיפול⁶.
חולים אשר מיצו את אפשרויות הטיפול המקובלות וכעת מחפשים אפשרויות טיפול נוספות.
חולים להם סוג סרטן נדיר לו אין אפשרויות טיפול מקובלות.
בסוגי סרטנים אגרסיביים, בהם תוחלת החיים המירבית של החולים עומדת על כשנתיים מאבחון המחלה הגרורתית ועבורם קיימים טיפולים בעלי יעילות מוגבלת. יש מקום לביצוע בדיקה לאיתור שינויים גנומיים שיכולים לסייע במציאת אפשרויות טיפול נוספות שאולי לא היו נלקחות בחשבון ללא בדיקה כזו.

זיהוי מגוון רחב של שינויים עם בדיקת FoundationOne CDx:

בדיקות השגרתיות, כגון בדיקת ה-FISH והאימונוהיסטוכימיה יודעות לזהות סוג מסוים של שינוי בגן כגון ארגון מחדש של הדנ״א וביטוי ביתר של תוצר הגן בהתאמה. בבדיקות אלו לא ניתן לזהות שינויים מסוגים אחרים כגון מוטציות נקודתיות. כמו כן, בדיקות אלו בוחנות רק גן אחד ולא יזהו שינויים בגנים נוספים שאף הם יכולים להיות מעורבים בתהליך הסרטני. קיים סוג נוסף של בדיקות המכונה בדיקות Hotspot panel, המשתמשות ב-NGS, אך אינן מקיפות דיין מאחר ונבדקים רק מספר מצומצם של גנים הקשורים לסרטן ורק שינויים מסוג מוטציות נקודתיות באזורים שכיחים בגן (תמונה 2).

תמונה 2: שליש מהחולים יפספסו מטרה טיפולית בבדיקות פאנל של גנים מסוג Hotspot

דוגמה למקטע של גן הקשור לסרטן אשר בו נבדקות רק מספר קטן של מוטציות שכיחות באמצעות בדיקות פאנל של גנים מסוג Hotspot.

דוגמה לכך הינה בדיקות שיודעות לזהות מוטציה מסויימת בגן BRAF באות ה-600 של התוצר החלבוני. בדיקות מסוג זה לא יזהו שינויים אחרים היכולים להתרחש בגן BRAF כגון איחויים עם גן אחר או מוטציות נקודתיות באזור אחר של הגן שיכולות להיות להן משמעות קלינית.

לעומת זאת, FoundationOne CDx בוחנת ומזהה את כל סוגי השינויים היכולים להתרחש בגנים (תמונה 3) שיכולים להיות רלוונטיים לטיפול בסרטן ובכך מאפשרת לזהות את הדרייברים של הגידול ומצביעה על מירב הטיפולים העשויים להיות רלוונטיים (תמונה 4).

תמונה 3: כל סוגי השינויים הקיימים בגנים מזוהים באמצעות בדיקת FoundationOne CDx

תמונה 4: בדיקת FoundationOne CDx מאתרת את כל השינויים האפשריים בגן ומדווחת על אופציות הטיפול המתאימות

בדיקת FoundationOne CDx מזהה שינויים גנומיים שבדיקות אחרות מפספסות

מחקר שפורסם לאחרונה בכתב העת Clinical Cancer Research הדגים כי בדיקת FoundationOne CDx הצליחה לזהות שינויים גנומיים ברי טיפול בכ-2 מכל 3 חולים (65%) עם אנדוקרצינומה של הריאה לאחר שלא התגלו בשיטות אבחון קונבנציונאליות אחרות (שאינן מבוססות טכנלוגיית NGS), ובכך אפשרה התאמת טיפול למרבית החולים⁷.

בכ-1 מכל 4 חולים (26%) נמצאו טיפולים אשר הומלצו ע״י הנחיות ה-NCCN. ממצאי מחקר זה מדגישים את חשיבותה הקלינית של בדיקה גנומית מקיפה ומדוייקת לאיתור כל סוגי השינויים גנומיים הקיימים, תוך שימור דגימת הגידול.

לאור זאת, הוכללה בדיקת FoundationOne CDx בכיסוי הביטוחי של אחת מחברות הביטוח הגדולות בארה"ב, ^®UnitedHealthcare, לחולי סרטן ריאה גרורתי⁸. פספוס של טיפולים הנמצאים בהנחיות לחולי סרטן ריאה אינו רק מקרה פרטי בארה״ב. תוצאות של מחקר במרכז דוידוף בישראל, גילה שכ-1 מכל 5 חולי סרטן ריאה אשר נמצאו שליליים לקיום המוטציות המוכרות בגן EGFR ואיחוי בגן ALK בבדיקות השגרתיות, נמצא חיובי בבדיקת FoundationOne CDx וזכאי לקבל טיפול ממוקד הממומן על ידי סל הבריאות בישראל⁹.

בנוסף לתוצאות מחקרים אלו, תוצאות אמפיריות מצביעות על כך שלפחות שליש מהשינויים ברי הטיפול שנמצאו בבדיקת FoundationOne CDx לא היו מתגלים באמצעות בדיקות אבחון אחרות כדוגמת PCR, פאנל של גנים מסוג Hotspot, אימונוהיסטוכימיה ועוד. זאת מאחר והבדיקות האחרות אינן בודקות את כל סוגי השינויים הקיימים בגנים ואינן בודקות מספר רב של גנים במקביל.

תיקוף קליני של בדיקת FoundationOne CDx:

FoundationOne CDx היא, למיטב ידיעתנו, הבדיקה הגנומית היחידה שמבוצעת על רקמת גידול ופרסמה מחקר תיקוף קליני. תוצאות המחקר אשר פורסמו בכתב העת Nature Biotechnology הדגימו רגישות וספיציפיות גבוהים של למעלה מ-¹⁰99%. חברת FOUNDATION MEDICINE Inc אשר פיתחה את הבדיקה דיווחה נכון לשנת 2017 על יותר מ-110,000 תוצאות עבור מטופלים והידע עליו מסתמכים בבדיקה מבוסס על מאגר נתונים הגדול ביותר בתחום.

נכון לשנת 2017, נתונים אשר נאספו מעשרות אלפי דגימות קליניות ומסוגי גידול שונים של מטופלים בארה״ב באמצעות FoundationOne CDx הדגימו שבכ-4 מכל 5 מטופלים נמצא שינוי גנומי עם אפשרות טיפול ממוקדת מותאמת אישית או מחקר קליני שיכול להתאים. בדיקת FoundationOne CDx הינה בחירת עולם הרפואה ומהווה gold standards בתחום בדיקות האפיון הגנומי. טיפול מותאם אישית בהגדרתו כיום יאפשר טיפול ממוקד בגורם המניע של הגידול ועשוי להוביל לתועלת גבוהה יותר מהטיפול.

References

Frampton GM et. al, Assessment of tumor mutation burden from >60,000 clinical cancer patients using comprehensive genomic profiling. J Clin Oncol 34, 2016 (suppl; abstr 11558)
Hall J. et al, Evaluation of microsatellite instability (MSI) status in gastrointestinal (GI) tumor samples tested with comprehensive genomic profiling (CGP). J Clin Oncol 34, 2016 (suppl 4S; abstr 528)
Rizvi et al. Mutational landscape determines sensitivity to PD-1 blockade in non-small cell lung cancer. Science. 2015;348(6230):124-128.
Rosenberg et al. Atezolizumab in patients with locally advanced and metastatic urothelial carcinoma who have progressed following treatment with platinum-based chemotherapy: a single-arm, multicentre, phase 2 trial.Lancet. 2016;387(10031):1909-1920.
1. Horn L, Pao W. EML4-ALK: Honing In on a New Target in Non–Small-Cell Lung Cancer J Clin Oncol. 2009;26:4232–4235.
Ross JS, et al. Comprehensive Genomic Profiling of Carcinoma of Unknown Primary Site: New Routes to Targeted Therapies. JAMA Oncol. 2015 Feb 12.
Drilon A et al. Broad, hybrid capture-based next-generation sequencing identifies actionable genomic altera- tions in “driver-negative” lung adenocarcinomas. Clin Cancer Res. 2015 Jan 7.
http://www.businesswire.com/news/home/20151221005243/en/Foundation-Medicine-Announces-National- Agreement-UnitedHealthcare-FoundationOne%C2%AE.
Rozenblum AB, et al, Clinical Impact of Hybrid Capture-Based Next-Generation Sequencing on Changes in Treatment Decisions in Lung Cancer. J Thorac Oncol. 2017 Feb;12(2):258-268
Frampton GM et al. Development and validation of a clinical cancer genomic profiling test based on massively parallel DNA sequencing. Nat Biotechnol. 2013 Oct 20
He J, et al. Integrated Genomic DNA/RNA Profiling of Hematologic Malignancies in the Clinical Setting. Blood Journal, 2016 Mar
Travis A. Clark1, et al. Rigorous validation of a clinical circulating tumor DNA assay for cancer molecular profiling. Abstract 3965. AACR 2016